We wrześniu 1939 r. nasze miasto podzieliło losy reszty kraju. W pierwszych dniach wojny przez Radzyń i okolice przelewały się liczone w milionach masy uciekinierów z Warszawy i innych regionów kraju (m.in. z Wielkopolski), którzy udawali się w kierunku Brześcia.

W Radzyniu znalazło schronienie i pomoc wiele setek polskich rodzin wysiedlonych przez okupanta z terenów przyłączonych do Rzeszy. Radzyń był pod tym względem na pierwszym miejscu w województwie lubelskim.

Tędy przemieszczały się także różne oddziały wojsk. Pod koniec września pojawiła się tu kawaleria gen. Podhorskiego, która zaprowiantowała się w Radzyniu i po kilku godzinach opuściła miasto, by dołączyć do oddziałów gen. Franciszka Kleeberga – dowódcy SGO „Polesie”, która w okolicach Kocka od 2 do 5 października miała rozegrać ostatnią, bohaterską bitwę kampanii wrześniowej.
W czasie, gdy w mieście i na okolicznych drogach znajdowały się tłumy ludzi, na Radzyń i okolice spadły bomby niemieckie. Pierwsze bombardowanie lotnicze miało miejsce 9 września, kolejne po trzech dniach – 12 września. Przyniosły one olbrzymie straty materialne, zostało zburzonych wiele budynków, ale przede wszystkim – ofiary w ludziach.
Jeszcze nie ostygły zgliszcza po nalotach, kiedy 18 września 1939 r. wkroczyły do Radzynia Oddziały Armii Czerwonej. Najeźdźcy ze wschodu głosili, że przyszli, „by wziąć w opiekę ludność białoruską i ukraińską” oraz braci klasowych, czyli robotników i chłopów. Jako oswobodzicieli witali ich żydowscy komuniści. 25 września 1939 r. Sowieci aresztowali policjantów i żołnierzy Korpusu Ochrony Pogranicza (KOP). Utworzyli Komitet Rewolucyjny i Czerwoną Gwardię jako pomocniczą policję. Zajmowali majątki, pałace, aresztowali właścicieli ziemskich rozdawali zboże. Nie zaniechali propagandy: organizowali wiece, wyświetlali filmy propagandowe sławiące Armię Czerwoną i ZSRR, śpiewano „Międzynarodówkę”.
Ich panowanie w Radzyniu nie trwało długo. Armia Czerwona wycofała się z miasta po 10 dniach – 28 września 1939 r. po zawarciu układu między ZSRR a III Rzeszą Armią Czerwoną, wywożąc ze sobą zagrabione mienie państwowe i prywatne.
Do Radzynia przybyli Niemcy, którzy zajęli miasto 7 października 1939 r.